En este experimento, Morgan analizó las características de color de los ojos de una mosca, la mosca de la fruta. Se compone de dos líneas "puras", lo que significa que todos los cruces en la misma línea, dan lugar a individuos con el mismo fenotipo de los padres. Una de estas líneas presenta el fenotipo "silvestre" con los ojos rojos y el otro, el fenotipo "mutante" con ojos blancos.
Debido a un riguroso método estadístico sobre una población de moscas, Morgan estudió el cruce de las hembras de tipo salvaje con los ojos rojos con machos mutantes con ojos blancos (generación parental P).
Afirmó que el 100% de los descendientes de F1 presenta el fenotipo de tipo silvestre. Una de las dos características parentales ha desaparecido. Se deduce que el alelo mutante (r) del gen responsable del color de ojos es recesivo, y el alelo de tipo salvaje (R) es dominante.
En una segunda vuelta, cruza los individuos de la generación F1 y notó que en la generación F2, vuelve a aparecer la característica recesiva en el 25% de los descendientes. Estos resultados se confirman con las leyes establecidas por Mendel, pero hay una diferencia: Las moscas de la generación F2 que presentan la característica recesiva son todos machos.
Morgan dedujo que el gen del color de ojos es generado por los cromosomas sexuales en la Drosophila y, más concretamente, por el cromosoma X. No está presente en el cromosoma Y. También en los hombres, sólo el cromosoma X llevado por el gameto materno, determina el color del ojo. El modo de transmisión del gen de color de los ojos está ligado al sexo.
En Drosophila como en los seres humanos, los núcleos de las células contienen un cierto número de pares de cromosomas llamados autosomas (3 pares en la Drosophila y 22 en el ser humano) y un par de cromosomas sexuales. En la mujer, el par de cromosomas sexuales se compone de dos cromosomas X, mientras que en el varón, se compone de un cromosoma X y un cromosoma Y.
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